民营企业退出武器装备科研生产的程序包括：一是提交退出材料。取得武器装备科研生产许可拟退出武器装备科研生产的单位，应当向国防科工局许可管理办公室提交《武器装备科研生产许可退出申请书》，同时报送装备发展部，并抄送所在省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门。二是作出退出决定。国防科工局应当自收到《武器装备科研生产许可退出申请书》起6个月内，从军工能力布局、保密管理、军工关键设备设施管理、任务转接或者替代、在建军工固定资产投资项目和在研科研项目的处置等方面提出审查意见，并与装备发展部协商后，对主动申请退出武器装备科研生产的单位作出是否准予退出的决定。三是执行退出决定。退出武器装备科研生产的单位应当自收到国防科工局的书面告知之日起10个工作日内，将所持有的武器装备科研生产许可证交回所在省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门；退出武器装备科研生产的单位应将所持有的涉密载体移交所在省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门的保密管理机构或由其监督销毁；退出武器装备科研生产的单位应与从事过武器装备科研生产的涉密人员签订保密承诺书，对涉密人员实行脱密期管理，并报所在省、自治区、直辖市国防科技工业管理部门备案。

（参见《武器装备科研生产许可退出管理规则》）