微控制器制造商的开发板，以及他们与开发板一起提供的软件项目例程，在工程师着手一个新设计时可以提供很大帮助。但在设计项目完成其早期阶段后，进一步设计时，制造商提供的软件也可能会导致一些问题。

使用实时操作系统作为应用程序代码平台的设计还面临着许多挑战，比如如何将功能分配给不同的并行任务、如何设计高可靠的进程间通信、以及如何在硬件上测试整个软件包等问题。

Linux的衍生版本已运行在非常广泛的嵌入式系统中，包括：网络路由器、移动电话、建筑自动化控制、电视机和视频游戏控制台。

对嵌入式系统设计师来说，还可以方便地使用一种工具(utility)聚合工具，如BusyBox，这种工具将通常最需要的工具整合在一起。根据BusyBox的信息页面介绍，“它将许多常用UNIX工具的微型版本整合成一个小的可执行文件。它提供了对大多数你通常会在GNUfileutils和shellutils等工具中看到的工具的替代。BusyBox里的工具通常比其全功能GNU对应版本的选择少；但所包含选项所提供的预期功能和行为则与对应的GNU所提供的几无差别。对任何小或嵌入式系统来说，BusyBox提供的环境都是相当完整的。”

最后一个重要工具是一款BSP，是为搭载了项目目标MCU或处理器的主板专门做的。

BSP包括预先配置的工具，以及将操作系统加载到主板的引导加载程序。它还为内核和器件驱动器提供源代码(见图1)。

虽然Linux被成功使用，但并不意味着它很容易使用。Linux包含的代码超过一百万行，其运作带有鲜明的Linux方法论味道，初学者可能难以迅速掌握。